Shranjenih imamo lahko več verzij (različic) istega dokumenta. Sistem omogoča sledljivost dostopov in dela s posameznim dokumentom. Dokumente je možno zavarovati pred nepooblaščenim dodajanjem, pregledovanjem, spreminjanjem in izločanjem iz uporabe.
Pristnost in celovitost shranjenih dokumentov zagotovimo tako, da jih digitalno podpišemo. Podpisujemo lahko dokumente katerekoli oblike zapisa tako, da podpišemo ovojnico, ki vsebuje dokument in podpis. Za podpis potrebujemo veljavno digitalno potrdilo – certifikat. Poleg samega podpisa lahko vpišemo tudi namen podpisovanja. Dokumente v obliki PDF lahko podpisujemo tudi neposredno po standardih za podpisovanje PDF datotek. Ob podpisovanju lahko čas podpisa pridobimo z lokalnega računalnika ali pa od certificiranega ponudnika časovnega žiga (Time Stamping Authority – TSA).
V primeru, da uporabnik uporablja poleg Saop sistema tudi druge rešitve za vodenje poslovanja in le-te potrebujejo prikaz dokumentov shranjenih v Dokumentnem sistemu ali pa želijo dokumente neposredno shraniti v Dokumentni sistem, lahko to storijo preko posebnega programskega vmesnika, ki skrbi za povezavo Dokumentni sistemja s zunanjim svetom. Tudi pri tem načinu dostopu se uporabljajo enaka varnostna pooblastila kot pri dostopu preko Saop sistema.
Skupek dokumentov, ki se nanašajo na posamezno zadevo (npr. nabavo, prodajo, ...), lahko združimo v fascikel. Fascikli omogočajo enostavno skupno upravljanje in dostop do dokumentov, ki pripadajo posamezni celoti, ne glede na to kateremu subjektu (stranki, artiklu, zaposlenemu, ...) dokument pripada. Do fascikla lahko dostopajo samo operaterji, ki jih skrbnik fascikla pooblasti za tak dostop.